Bonpland se estableció en el lugar llamado Santa Ana, donde hace su codo el Alto Paraná, 

casi frente a la ciudad paraguaya de Encarnación. 

Allí instaló una colonia agrícola con un grupo de peones originarios,

cuyo trabajo comenzó a dar frutos seis meses después.

 

En esa época gobernaba el Paraguay el doctor José Gaspar Rodríguez de Francia. 

Debido a su nacionalidad francesa y a su amistad con Ramírez y los caudillos artiguistas, 

Francia creía que Bonpland era un espía. 

Además, consideraba que el territorio de las Misiones 

donde se había establecido el científico pertenecía al Paraguay, 

y, sobre todo, no podía permitir que alguien conspirara contra el monopolio de la yerba mate 

que él ejercía. 

 

En la medianoche del 8 de diciembre de 1821, 

una fuerza de quinientos soldados paraguayos cruzó el río 

y entró en el establecimiento de Bonpland. 

 

Además de incendiar los ranchos y el yerbal, apalearon a los peones, 

matando a diecinueve de ellos y apresando a sesenta y tres. 

Aunque no ofreció resistencia, Bonpland fue herido de un sablazo en la cabeza, 

atado con cadenas y llevado detenido a la otra orilla del río hasta Itapúa, cerca de Encarnación.

 

Durante el cautiverio de Bonpland en tierras paraguayas 

algunos de los hombres ilustres de la época, como Simón Bolívar, 

pidieron por su liberación pero no lograron resultados positivos.

 

Confinado en el sur del país, en Santa María, departamento de Misiones, 

Bonpland practicó la medicina y la actividad agropecuaria, y continuó con sus investigaciones. 

En febrero de 1831 fue liberado y conminado a abandonar rápidamente el territorio paraguayo. 

Se instaló en Sao Borja, situada en Río Grande do Sul. 

 

En 1832 viajó a Buenos Aires y durante su estadía 

volvió a enviar cajones de colecciones al Museo de Historia Natural de París.